در آخرین تماس گفته بود ماموران در بلوار کشاورز تهران به دنبالش هستند و پس از آن مفقود شد. آخرین تصویر موجود از شاکرمی، نشان می‌دهد که او در حال مخفی‌شدن بین خودروها است تا مأموران نتوانند او را دستگیر کنند. به گفته شاهدان، مدت کمی پس از این لحظه، در نهایت دستگیر و در یک ون پلیس دیده می‌شود. پس از ۱۰ روز پیکر آسیب‌دیده او در کهریزک توسط خانواده‌اش شناسایی شد. پیکر او توسط مأموران امنیتی دزدیده و مخفیانه به خاک سپرده شد.
کشته شدن

نیکا شاکرمی ۲۹ شهریور ۱۴۰۱ در بلوار کشاورز تهران مفقود شد. ۷ مهر ۱۴۰۱ جسد او در کهریزک توسط خانواده‌اش شناسایی شد. او در آخرین تماسش گفته بود در حال فرار از دست مأموران است. او در حالی مفقود شده بود که شناسنامه‌اش در کوله پشتی‌اش بود. موبایل نیکا تا حوالی ساعت ۷ صبح ۳۰ شهریور در دسترس بوده و بعد از آن خاموش شد.

خانواده شاکرمی ۷ مهر هنگام تکمیل پرونده مفقودی او به پلیس امنیت مراجعه کرده بودند. در آنجا به آن‌ها گفته شده پیکری پیدا شده که با مشخصات او همخوان است و برای شناسایی بیایید. در کهریزک هنگام شناسایی فقط صورت او را به آن‌ها نشان دادند و اجازه دیدن پیکر را به خانواده ندادند. آتش شاکرمی، خاله او گفت: «علت فوت نیکا را سقوط از بلندی اعلام کردند اما برادرم مطابق تصاویری که به آن‌ها نشان داده شده گفته‌است شکل قرار گرفتن پیکر روی پیاده‌رو عادی نبود و به نظر نمی‌آمد که از بلندی پرت شده باشد. وقتی برای تحویل پیکر رفتند دیدند دماغش منهدم شده و جمجمه و پیشانی‌اش از ضربه‌های متعدد جسم سخت شکسته و متلاشی است.» نیکا را از روی نشان مادرزادی‌اش شناختند.

روایت‌ها

گزارش‌های مستقل حاکی از آن است که پیکر نیکا در حالی تحویل خانواده‌اش شد که صورتش بر اثر ضربات باتوم، لِه شده و از بین رفته بوده‌است. همچنین یک منبع آگاه پیشتر به رادیو زمانه و دوستان او گفتند که نیکا شاکرمی سه‌شنبه شب ۲۹ شهریور، در تقاطع بلوار کشاورز و خیابان ۱۶ آذر در میان اعتراض‌ها دیده شده‌است. افرادی که آخرین فیلم‌ها و لحظات نیکا را در خیابان دیده‌اند در مصاحبه با سی ان ان، اعلام کردند که او پس از تعقیب و گریز، توسط چندین نیروی لباس شخصی دستگیر شده‌است.

نسرین شاکرمی مادر نیکا

نسرین شاکرمی، مادر نیکا شاکرمی، در ویدئویی که رادیو فردا پخش کرد مرگ دخترش را «جنایت» خواند و گفت که تحت فشار بوده تا اعتراف تلویزیونی کند و از صحبت‌های اجباری او، مرگ نیکا را «خودکشی» نشان دهند. او در رد ادعای حکومت مبنی بر سقوط او از ارتفاع گفت: «من خودم بارها بدن دخترم را پس از تحویل گرفتن جسد او رویت کردم و تمام بدن او کاملاً سالم بود و هیچ شکستگی و کبودی در دست و پاهای او نبود. یک ضربه خیلی شدید خورده بود و جمجمه‌اش به تو رفته بود و فکش شکسته شده بود.»

نسرین شاکرمی در یک مصاحبه اختصاصی با تلویزیون ایران اینترنشنال که عصر پنجشنبه ۱۴ مهر پخش شد، گفت که روزهای اول پس از ناپدید شدن دخترش در اعتراضات، دستگاه‌های ذیربط از جمله زندان اوین و کهریزک به آنها برای ثبت درخواستشان دربارهٔ ناپدیدشدن نیکا اهمیتی نمی‌دادند و پس از یک هفته تقاضای آنها را ثبت کردند. او افزود: «خانواده‌هایی که به دلیل بی‌اطلاعی از فرزندانشان به زندان اوین مراجعه کرده بودند را کتک زدند.» او تأکید کرد بر این باور است که نیکا روز ۲۹ شهریور در تظاهرات کشته و جسد او همان روز به سردخانه کهریزک تحویل داده شده‌است و افزود جسد دخترش را صبح روز پس از کشته شدن به مکان دیگری منتقل و از او عکس گرفتند.

مادر او همچنین ادعاهای ضد و نقیض مقام‌های جمهوری اسلامی دربارهٔ کشته شدن دخترش را وقیحانه خواند و گفت: «هر کدام از آنها یک حرفی و هر چه دلشان می‌خواهد می‌گویند. بار اولشان نیست که حقیقت را کتمان می‌کنند.»